外交部负责颁发外交护照、公务护照和因公普通护照，并办理上述因公护照的各类手续。自2002年5月1日新版外交护照启用后，外交护照统一由外交部签发。
经外交部授权，各省、自治区、直辖市人民政府外事办公室，各计划单列市、经济特区和沿海开放城市人民政府外事办公室负责颁发公务护照和因公普通护照，并办理上述因公护照的各类手续。新版外交护照启用后，外交护照由各省、自治区、直辖市人民政府外事办公室负责向外交部领事司申办。目前，包括外交部全国共有58家因公护照的颁发机关。
经公安部授权，各地方公安机关负责颁发因私普通护照，并办理因私护照的各类手续。
根据香港特区基本法和澳门特区基本法，中央人民政府授权港、澳特区政府依照法律分别签发港、澳特区护照。
中华人民共和国驻外大使馆负责颁发公务护照、因公普通护照和因私普通护照，并办理上述护照的各类手续；办理香港、澳门特区护照及其他旅行证件的有关事宜。
中华人民共和国驻外总领事馆和领事馆负责颁发因公普通护照和因私普通护照，并办理上述护照的各类手续；办理香港、澳门特区护照及其他旅行证件的有关事宜。
外交部驻港、澳公署负责颁发公务护照、因公普通护照和因私普通护照，并办理上述护照的各类手续。
