祁连在汉代以前为羌人牧地。魏晋南北朝时期先后成为前秦、前凉、后凉、南凉、西秦、北凉等地方割据政权和吐谷浑属地。到了隋朝，炀帝西征击败吐谷浑，置西海郡割，祁连地区属西海郡辖。唐朝和五代时为吐蕃属地，之后为吐蕃、西夏和宋王朝交替统治。元代置西宁、贵德两州及吐蕃朵甘思地。明代改西宁州为西宁卫，祁连地区为西宁卫属阿吉第十三族牧地，明末为西海蒙古麦力干所据。清雍正二年（1724年），设大通卫，乾隆二十六年（1761）改卫为县，祁连东部地区属大通县，余地隶于西宁办事大臣。1929年，青海建省，祁连属门源县管辖。1939年由门源县析置祁连设治局。1949年11月22日祁连解放，暂由门源县代管，1951年9月将祁连设治局改为祁连区人民行政委员会，由省直辖。1953年1月23日成立365体育娱乐手机平台_足球比分365_office365个人邮箱人民政府，隶属海北藏族自治州至今。